Antiguo convento, data del siglo XVII, fundado en tiempos de Felipe III, de los Mercedarios descalzos. Fue adquirido por el Estado como instituto “Juan de Avila” en 1843 y más tarde como “Santa María de Alarcos” hasta 1996. Tiene dos edificios, uno con fachada a la c/ Caballeros y otro más moderno a la c/ Rosa. Se han realizado obras en las que han aparecido varias estructuras subterraneas por debajo de la planta baja del edificio. Se inaguró como museo en Noviembre de 2005 con la exposición “El arte en tiempo de Don Quijote”.

En esta conversión a museo, se ejecutaron todas las instalaciones eléctricas e iluminación.